甲状腺功能减退原因比较复杂，以原发性甲状腺功能减退多见，主要是甲状腺本身的合成减少，自身免疫性损伤也是最常见的原因，例如亚急性甲状腺炎或者是桥本氏甲状腺炎，然后导致甲状腺细胞的破坏；其次常见的原因是手术，手术切除之后，甲状腺的破坏或者是碘131治疗之后也会导致甲状腺破坏，出现甲状腺功能减退；另一方面就是继发性的加减是比较少见的。
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