新生儿房缺的寿命，要根据新生儿房缺是否合并有其它的畸形，或者是心脏的缺损而定。如果是单纯的新生儿房间隔缺损，预后往往都比较好，可以终生存活，尤其是小的缺损，如缺损在6mm以下，大部分会在新生儿出生后的四岁之内逐渐愈合，也就是自愈，一般不会影响新生儿的生长发育。
如果缺损比较大，或者是房间隔缺损合并有心脏的其他畸形，就可能会影响新生儿，在新生儿期后的生长发育，如体重增长缓慢，或者是由于左向右分流导致肺充血，导致新生儿发生肺炎。如果新生儿房缺伴有相应的并发症，也可以早期进行介入治疗，使新生儿房缺能够达到完全治愈，所以新生儿房缺预后都比较好，大部分都可以终生存活。
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