在临床上，通过痰液检查结果为阴性，比较常见的就是对可疑感染到了结核分枝杆菌引起的肺结核，进行相应的明确。可以取痰液查找或者培养结核分枝杆菌，一般结果为阴性，只能排除目前患者并不具有炎症的活动期，并没有排出结核分枝杆菌，痰液中不存在这些致病菌，但是并不能否定肺结核的诊断。还需要进一步的多次进行痰检，如果结果多次为阴性，必要的时候还可以拍双肺的CT，甚至核磁共振来明确。可取支气管纤维内镜，来明确可疑的病灶的诊断，甚至可以取活组织做病理检查来明确。
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