弥漫性轴索损伤如果没有进行手术，后遗症可能出现迁延性昏迷。这类患者昏迷时间多数达三个月以上，也称为植物生存状态。如果进行过手术的患者，其后遗症可能有：第一、脑积水，脑积水主要弥漫性轴索损伤后，引起脑脊液循环通路发生障碍。第二、癫痫，癫痫的发生也与颅内脑组织损伤有关。第三、颅骨缺损，颅骨缺损是为了早期挽救患者的生命，通过去骨瓣减压以缓解颅内压增高的治疗方式。另外，弥漫性轴索损伤还可能会合并肺部感染、泌尿系统感染、消化功能不良、营养不良等并发症。
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