肾结核本身是不传染的，因为结核传染的途径主要为飞沫空气传播。
肾结核本身感染的情况主要包括原发性及继发性。原发性比较罕见，见于结核病疫情严重的地区，主要来源于其他肺部结核的传染导致首次感染结核菌引起肾部结核的情况。而继发性肾结核发病多是由于外源性感染肺结核之后形成内源性再感染是这种继发性肺结核病的主要来源。
人体首次感染结核菌时由于机体没有特异性免疫力，结核菌得以缓慢，而不受限制的进行繁殖播散全身。结核菌在包括肾脏在内的各组织器官着床形成潜伏灶，绝大多数潜伏灶内的结核可潜伏终生而不发病。少数情况下，当机体抵抗力下降时合并营养不良，贫血，创伤，糖尿病等情况潜伏结核菌大量繁殖就会导致发生肾结核的疾病。
而肾结核通常都是在肾部形成一个密闭的空间，造成局部组织反映强烈，出现干酪样坏死和空洞甚至可能由一侧肾脏侵犯到另一侧肾脏，但是虽然有的会同小便排出，但是不具备传染性。
