衣原体感染更为严重，衣原体感染常导致男性出现尿道炎，约60%的非淋菌性尿道炎是由衣原体感染引起。衣原体感染可导致尿道黏膜水肿、糜烂，出现尿道黏膜刺痛、刺痒，以及尿道口脓性分泌物，衣原体感染也易导致女性出现宫颈糜烂，宫颈分泌物增多，患者性生活后出现疼痛症状。女性感染衣原体后，易导致早产和流产现象，同时衣原体容易传染给新生儿，导致新生儿发生衣原体感染，诱发畸胎。
支原体感染常累及男性尿道，引起尿频、尿急和尿道口分泌物，患者出现尿道刺痛和尿道轻度刺痒症状。女性发生支原体感染时，常出现以宫颈为中心的泌尿系和生殖系炎症，有少量脓性分泌物产生，出现尿道和阴道部不适，一般症状较轻。
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