早上起来口苦有两方面的原因：一方面是由于口腔局部疾患；另一方面是全身其它系统患有疾病。口腔局部可能是由于口腔卫生情况不良，嘴里面食物残渣，细菌和牙石过多，使早上起来出现口苦。如果患有龋齿、牙髓炎、根尖周炎、牙周炎等牙体疾患，也会导致口内致病因子增多，致病细菌增多以及炎性渗出液的增多，使晨起出现口苦的症状。
如果唾液腺功能受损、唾液分泌量下降导致口腔黏膜长期干燥，使舌表面味觉出现障碍，也会导致晨起口苦。另外，由于温度和机械的刺激，病毒和真菌感染导致出现舌炎，也会引起口苦，全身其他系统疾病主要是患有胆囊炎、胆石症、胆汁淤积的患者，由于胆汁反流导致口苦。
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