胃镜检查一般不会对胃有损伤。做完胃镜后部分病人会胃痛，是由于胃镜检查时需充气将胃扩张开，才可清楚观察胃内病变，在胃镜结束前，会将气体尽量吸出来，但部分气体会通过小肠进入大肠，导致胃胀、打嗝、肛门排气增加。
因为做胃镜本身对消化道为异常刺激，部分患者可能有痉挛性痛。若做胃镜检查发现糜烂或溃疡等则需取少量组织活检，这种轻微黏膜损伤加上自主意识会觉得胃镜损伤严重，会产生胃痛，但短时间内可缓解，也可找消化科医生或者其他专业医生进行妥善处理，胃镜检查后的注意事项，医生都会做出详细解释。
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