在古代，无论西方医学还是中国传统医学，思维方式都属于整体论的范畴。整体论思维方式的基本特征是强调人的整体性，把注意的中心放在人的整体水平，考察和调节在人的整体水平呈现的健康和疾病的过程，总结和掌握整体性的规律。
整体性是人的一种根本特性，整体论思维方式符合人的这种特性，因而在本质上是合理的，其临床意义已经得到充分的证明。中国传统医学一直沿用这种整体论的思想至今，并成为中国传统医学的一大特色。
整体观也是现代系统论的核心思想。现代系统论认为，系统是由要素或子系统组成的，但系统的整体性能可以大于各要素的性能之和。因此，在研究这类系统时，必须从整体出发，立足于整体来分析其部分以及部分之间的关系，再通过对部分的分析而达到对整体的深刻理解。
我的整体观是建立在现代系统论基础上的整体观。
躯体是一个整体
人体是由一个受精卵发育和分化而成的有机整体，不像机械那样是由不同的零部件组合而成。因此，有学者认为人的整体是元整体，不是合整体。元整体原理揭示了人所特有的、不同于机器的整体性，整体内的部分离开整体不能独立存在。
人体这一元整体是一个与外界进行物质和能量交换的开放的动态系统。系统内八个子系统都通过神经和内分泌相互联系着，彼此密不可分。子系统功能正常，彼此之间就能维持一种正常的关系，整体就能发挥正常的功能，反之亦然。一个子系统功能异常，将会通过神经和内分泌影响其他子系统，进而影响整体的功能。
临床上常常见到的是，一个系统出现了病变，可以在其他系统出现一系列症状和体征，有时候，甚至疾病所在的系统未出现任何症状和体征之前，其他系统就已经出现了症状和体征。
任何疾病，基本上都是整体疾病，而各组织、器官和致病因素作用部位的病理变化均是全身疾病的局部表现。局部的病变可以通过神经和体液的途径影响整体，而机体的全身功能状态也可以通过这些途径影响局部的病变的发展和经过。
古希腊的大哲学家柏拉图曾经说过：不治整体，就不能治疗局部。
心身是一个整体
人体不但是一个有机的整体，而且是一个心身合一的整体。 在人体这一整体内，心身是互相联系，密不可分的。躯体疾病可以引起心理的变化，心理疾病可以在躯体上出现一系列的症状，甚至可以引起躯体的病理变化。
心身医学是研究生物、心理及社会因素对健康和疾病的作用及它们之间相互关系的科学,是一门跨学科的边缘科学，是医学领域中研究心身相关的医学分支学科。现代医学用整体的观点看待健康和疾病现象，把生理现象和心理现象看成是生命过程中既对立又统一的两个方面，不再将二者完全割裂开来。这样一种医学认识论上的进步，对于临床工作有现实意义。
由世界卫生组织组织14个国家参加、15个城市为中心的全球合作研究“综合医疗机构中的心理障碍”的报告中，99.1％的心理疾病患者是以躯体症状为主诉到综合性医院各个科室就诊。从此研究结果中，心身的关系可窥一斑。
临床表现和实验室检查结果应该作一个整体看待
临床表现指病人的主观症状及医师查体所得的客观体症。 实验室检查结果是用现代先进的仪器检查病人的生化、病生和病理所得的结果。对科学和科技的过度崇拜，使人们过度相信和依赖仪器检查的结果，忽视了病人的基本症状和体征。其实，不但症状和体征是疾病这一本质的外在表现，而且实验室检查结果也是检查疾病的外在表现DD生化、病生和病理所得的结果。
也就是说，三者都是反映疾病的表现，理应把它们作为一个整体看待。在疾病诊断价值方面，三者并不存在优劣之分，不可顾此失彼。在分析判断实验室检查结果的时候，必须在病人状和体征的基础上进行。不认真分析具体病人的症状和体征资料，过度依靠实验室检查结果，所得的结论往往南辕北撤，离真实的情况相差甚远。
另外，症状、体征和实验室检查结果反映的是疾病发生和发展过程中某一具体时间横断面的情况，反映的是疾病整个病程的某一“点 ”。病史是反映病人的疾病发生、发展和康复的动态演变过程，反映的是由疾病的许多“点”组成的“线”和“面”。可见，病史包含有更多的可供诊断的信息。
因此，希望大家重视病史的询问和收集。英国学者曾报道，综合医院中约82.5％的病人可以通过详细询问病史做出诊断，而需要体格检查或实验室检查帮助诊断的各占8.75％。
理论思维、经验思维和哲学思维是一个整体
临床思维包括理论思维、经验思维和哲学思维。理论思维是一种高级思维，它不是停留于对对象的外部特征和表面联系的认识，而是以科学理论为指导、借助于科学抽象力和理论洞察力深入分析矛盾和问题，形成关于对象的本质和发展规律的理性认识。
经验思维是以经验为依据决断问题的思维形式，是最基础、最一般的思维形式，它具有内容的重要性、直观的感知性、认识的表面性、观察的局限性、分析的非定量性特点。哲学思维是在经验思维和理论思维基础上进行总体反思和整体综合的能力，是一种更高级、更成熟的理论思维能力。
遗憾的是，许多医师工作一辈子，积累了丰富的经验，有很高的医学理论水平，却对哲学思维不屑一顾。其实，哲学思维非常重要。西方医学之父希波克拉底认为：“医学家必须同时为哲学家。”古希腊的大哲学家亚里士多德认为：“哲学应该从医学开始，而医学最终应归结于哲学。”古罗马时期的医学大师盖伦有一句名言：“最好的医生也应该是哲学家。”
理论思维和经验思维是哲学思维的基础。离开了理论思维和经验思维，哲学思维就成为了无水之源，无本之末。同时，哲学思维渗透在理论思维和哲学思维里面。 因此，哲学思维应该同理论思维和经验思维一起，作为一个整体来看待。
虽然，我们把理论思维、经验思维和哲学思维作为一个整体来看待。但在这个整体内，哲学思维具有战略性、方向性意义，其正确与否，往往有“差之毫厘，谬以千里”的作用。正如战略上的错误无法从战术上弥补一样，哲学思维上的偏差难以用具体的理论思维、经验思维来弥补。
因此，具有哲学思维的医师，能够站在哲学的高峰上进行科学思维，能够高屋建瓴，高瞻远瞩。
