引起消化不良的原因很多，包括胃肠动力异常、胃十二指肠高敏感、幽门螺杆菌感染、胃底容受舒张功能障碍以及精神心理因素影响，其中胃肠动力异常和内脏敏感度增高是最重要的因素。
胃肠动力异常会导致患者胃内食物分布出现异常，表现为恶心、早饱感表现。动力异常还会造成十二指肠反流，患者表现为腹痛、腹部烧灼感，胃排空障碍会造成患者的餐后饱胀、恶心呕吐等症状。内脏感觉异常导致患者对各种刺激敏感性增加，与早饱症状相关，这类患者的十二指肠对酸、脂类食物比较敏感，经常出现恶心，不良的心理精神因素会加重或者诱发疾病的发生。这些因素互为因果，相互作用造成消化不良。而功能性消化不良是一种消化不良，指一组或者一个症状，主要表现为上腹部疼痛、饱胀、恶心、呕吐、早饱感等。
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