腰穿的禁忌证主要有可疑的颅内高压、脑疝、休克的危重病人、颅内占位性病变，穿刺部位有感染性疾病或者炎症，严重的凝血功能障碍，比如说血友病等。适应证主要有中枢神经系统炎症性疾病的诊断与鉴别诊断，包括结核性脑膜炎、病毒性脑膜炎、化脓性脑膜炎，以及乙型脑炎等。还有脑血管意外的诊断与鉴别诊断，包括脑梗死、蛛网膜下腔出血、脑出血等，肿瘤性的疾病的诊断与治疗，用于诊断脑膜白血病，同时可以测定颅内压力，了解蛛网膜下腔是否有阻塞等。另外，通过腰椎穿刺，也可以进行椎管内给药。
