通常卡氏肺孢子虫肺炎分为两种，一、非艾滋病并发卡氏肺孢子虫肺炎，其潜伏期为两周起病比较急，短期内迅速进入呼吸衰竭的状态，病死率较高。患者主要症状是发热、干咳、少痰，出现不同程度的胸闷、气短。随着病情的展，气短逐渐加重，尤其是活动后可出现进行性呼吸困难。大部分患者肺部体征不明显，有的可闻及少量、散在的干湿啰音，体征与疾病症状的炎症程度不成比例是本病的重要临床特征。起病急剧，常在4-15天之内可以发展为低氧血症或者呼吸衰竭，常需要机械通气，死亡率极高。二、艾滋病并发卡氏肺孢子虫肺炎，潜伏期为4周，起病缓慢，干咳、气促进行性加重，出现呼吸衰竭后病情迅速进展，病死率相对较低。
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