肛周脓肿切开引流术后绝大部分会形成肛瘘，发生率可达99%以上。因为这个疾病的性质就是肛门腺感染引起肛周软组织的急性化脓性疾病。
肛周脓肿手术指从肛周红肿地方做小切口，切开引流，将已经液化的坏死组织引流出来。但是里面会遗留没有液化的半固体状态，甚至一些坏死组织残留，慢慢会形成慢性炎性肉芽管道，向肛门里面开口在肛窦部位，向肛门周围开口在切开引流术切口的地方。会导致反复肿痛、破溃、流脓，形成肛瘘。这只是相当于人工辅助形成的溃口。
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