肾小管间质性肾炎的病因有三大类，即药物引起、感染引起和自身免疫系统引起的。如果考虑患者为药物相关性的急性肾小管间质性肾炎，首先要停用相关药物或可疑药物，而且以后不再使用这一类药物，如果停药后患者肾功能仍没有恢复就需要考虑使用糖皮质激素，在使用糖皮质激素后肾功能仍然没有恢复且肾小管间质病变较严重时，临床会酌情使用免疫抑制剂。
如果患者的急性肾小管间质性肾炎是由感染引起，就需要积极的抗感染治疗，发现为EB病毒感染引起的就抗EB病毒感染，考虑是金黄色葡萄球菌感染引起的就抗金黄色葡萄球菌感染，通常情况下，抗感染治疗加支持治疗就可以了，不需要使用糖皮质激素；如果考虑是自身免疫引起的急性肾小管间质性肾炎，就需要免疫抑制治疗加支持治疗。
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