肛瘘从教材上讲，从治疗原则上讲，不做手术无法达到根治。手术方式较多，因为这与肛瘘分类相关。肛瘘有分类，可分为简单的、复杂的、低位的或高位的。更复杂的分类，临床有一个分类叫Parks分型。比较简单的肛瘘采用传统手术方式就可以，可以用切开或者肛瘘整个窦道切除。
比较高位、相对复杂、窦道比较深，传统方式还有现在肛瘘的治疗，相对来讲手术较简单，它有两个原则：
1、手术要把整个窦道或感染性组织完整切除；
2、保护括约肌功能。这两点来讲，保护括约肌功能更重要。如果肛瘘手术清除效果不是特别好，或者感染性组织清除不完善，容易复发。假如把感染性组织清除的特别完善，有可能造成括约肌损伤较严重。括约肌损伤较严重的病人可能出现括约肌受损，出现排便问题，属于失禁。失禁看能不能憋住气，能不能憋住液体，能不能憋住固体，看失禁的严重程度。
从医生角度及手术术者角度讲，必须要权衡，病治不好，虽然不可以原谅，但是比把病治坏好些。病可以治不好，但是绝对不能治坏。因为括约肌一旦受损，叫脏器功能受损，脏器功能受损严重讲是事故。在这个基础上，手术逐渐发展成各种保留括约肌术式。这种操作相对来说比传统的单纯切开、切除挂线要繁琐些。复发率也比传统手术高些。但是能保护括约肌功能，保护肛门功能。
