高压氧治疗的不良反应有气压伤、氧中毒以及减压病。气压伤包括中耳、鼻窦、肺气压伤，发生在治疗的加减压过程中。人体局部的内外受压不均匀，到达一定的程度而出现明显的压力差而造成。其中中耳、鼻窦气压伤相对多见，但发生可以预防和及时处理，即使出现中耳、鼻窦气压伤，症状也比较轻，在停止高压氧治疗后一周左右可以自行恢复。而肺气压伤的发生非常罕见。氧中毒是大家最为担心的问题，甚至可以说是谈氧色变，它的发生需要一定量的蓄积，例如在3个大气压下吸氧要持续到3个小时以上才可能出现氧中毒的症状。常规的治疗压力在2个大气压左右，稳压间断吸氧，持续吸氧的时间不会超过30分钟。在掌握了高压氧治疗适应症、禁忌症以及严格执行操作规范的前提下，氧中毒的发生极为罕见。减压病是因环境压力下降的幅度过大，速度过快而发生，除非紧急减压，常规的高压氧治疗不会发生减压病，所以高压氧治疗是一种安全、无创的治疗方法。
