膀胱动脉灌注栓塞通常安全，但也存在较大的风险。除了与患者个体全身体质状况有关外，部分患者尤其是高龄患者血管迂曲、硬化、狭窄，血管有附壁斑块，一方面增加了选择性插管的难度，影响介入治疗的成功和效果；另一方面也增加了血管损伤附壁斑块脱落，栓塞下肢动脉的机会。
正常情况下膀胱介入治疗后不良反应和并发症比较少，也比较轻，可能有穿刺部位的血肿，多数患者会有发热及下腹、会阴部及臀部疼痛等栓塞综合征。手术患者会有下肢麻木，会出现恶心、呕吐及骨髓抑制的化学反应及并发症，对症处理即可，术后几天就会逐渐减轻好转。
