根据患者的不同临床症状和病史选择合适的检查，有的患者需要做核磁共振，有的需要做CT。做核磁共振能够检查出很多疾病，比如早期脑梗塞的患者，可以通过做核磁共振及早的发现梗塞的部位和范围。早期的脑梗塞在CT上不显示，所以这一点核磁共振优于CT。另外，肿瘤的患者可以做核磁共振，能够明确肿瘤的部位、大小、形态与周围组织的关系，并且可以明确有没有转移。此外，关节类的软组织损伤也可以做核磁共振，比如膝关节，核磁共振可以显示半月板和韧带的损伤程度，也优于CT。
