半夜恶心、想吐与消化不良、胃炎、胃溃疡、幽门梗阻有关，出现消化不良时胃内的食物消化排空时间会延长，尤其是吃了难以消化的食物时，胃内食物由于不能及时排空，因此会对胃壁造成刺激，这时人体就会出现半夜恶心、想吐。胃酸的分泌是不间断的，尤其是在入睡之后的几个小时之内，胃酸会处于分泌的高峰期。
部分人本身有胃炎、胃溃疡等疾病，在胃酸分泌过高时就会对胃病黏膜造成刺激，因此会在半夜出现恶心、呕吐。胃溃疡的长期发作会导致胃壁形成瘢痕，甚至还会导致幽门梗阻，出现幽门梗阻时胃内食物因为无法排空，所以会在胃中滞留。到了晚上食物不良发酵导致胃病内压增加，因此会在半夜时通过呕吐的方式，将胃中的内容物吐出以释放胃内的压力。
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