幽门螺杆菌吃药后复查还是阳性，提示第一次根除失败。若患者存在明确的根除指征，如胃镜下发现明显的萎缩、肠化、糜烂或异性增生等病变，或患者存在胃癌家族史或消化不良等症状，则必须将幽门螺杆菌根除。
在第二次根除时，患者需更换用药，待细菌恢复活力后再杀灭的效果更好。此时患者需更换对细菌更敏感的抗生素以及抑制胃酸的质子泵抑制剂，并且可适当延长服药的间隔时间。若患者第二次杀菌效果仍不理想，可以进行幽门螺杆菌药敏检测，明确存在更好杀菌效果的药物再进行治疗。
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