支原体肺炎一般发病以后以咳嗽为主要症状，因为病变是在气管、支气管以及毛细支气管，支原体引起气道黏膜充血、水肿、坏死、脱落。支原体会释放有毒化学产物，例如过氧化氢有毒化学产物可以破坏气管壁上皮细胞，抑制纤毛运动。目前可以发现支原体除直接致病以后，代谢产物可以引起气道过敏反应，因此病变气道反应性多有增高。长期咳嗽不愈患者需要进行进一步检查，除外咳嗽变异性哮喘发生。
咳嗽一般剧烈持久，咳嗽多在六周左右。如果明确支原体肺炎以后应该给予大环内酯类药物或喹诺酮类药物治疗，可以明显减轻症状，缩短病程。咳嗽时给予止咳药物或抗过敏药物，例如复方甲氧那明。
