选择无痛或普通胃肠镜，需要根据患者具体情况决定。无痛胃肠镜检查时一般不会引起痛苦，因患者在检查过程中进行全麻，因此整个胃肠镜操作过程中没有知觉。且无痛胃肠镜检查的麻醉时间短，在做完检查后患者一般会快速苏醒。整体而言，因患者检查时没有痛苦感，因此称为无痛胃肠镜，准确来说也可以称之为麻醉胃肠镜。
无痛胃肠镜与普通胃肠镜相比，没有术中的恶心、呕吐、腹痛等刺激，所以患者没有做普通胃肠镜时痛苦。此外，无痛胃肠镜检查时可使检查医生在操作过程中更容易放松，从而更仔细、全面地对胃、肠进行彻底的检查，提高早癌或者癌前病变的诊断率，明显减少误诊率和漏诊率，所以通常建议患者做无痛胃肠镜。但是如果部分患者对麻醉药过敏，此时建议患者做普通胃肠镜。
