高压氧的禁忌症主要包括绝对禁忌症和相对禁忌症。绝对禁忌症主要是没有经过任何治疗的气胸、多发肋骨骨折、开放性胸部外伤以及空洞型肺结核并且正在咯血、视网膜剥离的患者。相对禁忌症主要包括上呼吸道感染，高热不退，血压超过160mmHg/100mmHg以上，精神分裂症的患者，有癫痫发作病史的患者或者严重的肺大疱，早期妊娠状态也不适合做高压氧。高压氧在神经外科和神经内科应用比较广泛，主要用来治疗各种颅脑损伤、缺血性脑卒中和出血性脑血管意外，对一氧化碳中毒和减压病都有不错的疗效。
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