妇科的菌群失调指的是阴道的菌群失调，正常的情况下阴道和人体的肠道一样，它是一个有菌的环境，是多种微生物和细菌共存，达到生态平衡的环境。正常的阴道菌群应该是以乳酸杆菌为主要的菌群，而且乳酸杆菌除了要达到一定的量，还要有乳酸杆菌的多样性，因为乳酸杆菌是一大类杆菌，它有很多种，包括卷曲乳杆菌、加氏乳杆菌、詹氏乳杆菌等，在一个显微镜的视野上观察到多种形态的乳酸杆菌，阴道的内环境才算是正常的。
其他的一些阴道里的常驻菌还包括念珠菌也就是霉菌，可能偶尔会有一些过路菌，像支原体、衣原体。正常的情况下应该是以乳杆菌为主的阴道菌群平衡的状态，一旦菌群失调就容易得阴道炎，比如霉菌性阴道炎和细菌性阴道炎是最常见的，出现白带的酸臭味或者是鱼腥味，白带多或者是白带豆腐渣样、特别痒，都是菌群失调的症状。
