人组织细胞制成的组织切片本身没有颜色，在显微镜下无法进行识别，为了区别不同的细胞结构，就要对切片进行染色。切片染色方法有很多种，如H1染色法、免疫组化染色法、特殊染色等。一般的石蜡切片采用苏木精-伊红染色方法，苏木精能够使细胞核呈紫蓝色，伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。不同的细胞组织，不同蛋白的着色深浅不一样，使我们能从显微镜下区别不同种类的组织细胞。大多数的疾病都能够依靠H1染色的切片做出正确诊断，有时候H1染色难以确诊，就需要应用其他染色方法来辅助诊断，比如免疫组化染色法及特殊染色的方法等；比如淋巴瘤有很多种类、很多来源，要区分就需要加做免疫组化；比如结核病通常用抗酸染色，对病变组织里面进行染色，如果病变组织里面仍出现红色的结核杆菌，就能够确诊。
