舌咽神经痛是神经痛的一种，目前神经痛的病因不是很清楚，但在医学上有两种学说：一、脱髓鞘，神经轴突外有一层髓鞘保护轴突。如果神经发生病变脱去髓鞘，则会暴露轴突。暴露的轴突与轴突之间发生短路，会引起剧烈的电击样疼痛。二、神经受压学说，也就是在有病的神经附近，会有一根血管压迫神经，使神经受压出现疼痛。根据这两个学说目前可采取一些治疗方法，比如在神经附近有受压的血管，可行颅内手术将血管和神经分开，疼痛就会明显缓解。
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