中枢性协调障碍要治疗基础疾病来改善症状，首先有小脑病变引起，要积极治疗各种原因引起的小脑病变。然后给予一些营养神经的药物，主要有神经节苷脂、鼠神经生长因子和脑蛋白水解物，来促进大脑的修复。同时要给予康复的训练，通过试验性的平衡试验训练等，来促进我们神经的恢复，而改善中枢性的协调障碍。
还有大脑的病变、额叶的病变、前庭的器官病变，中枢的器官就是颞叶的部位病变造成的中枢性协调障碍，以及基底节的神经递质异常。因为脑缺血或者退行性疾病造成的协调障碍，首先要积极治疗原发疾病，再给予营养神经和康复的训练，来进行改善症状。
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