引起心肌炎的原因有很多种，最常见的病因有病毒感染、细菌、真菌感染、螺旋体、立克次体、原虫、蠕虫等感染都可引起心肌炎的发生，但是比较相对比较少见。非感染性的心肌炎的因素可以包括药物中毒、毒物以及放射性所造成的，结缔组织病时也可以导致心肌炎的发生，还有像血管炎，巨细胞心肌炎、结节病等。其中最常见的是病毒所引起的心肌炎，其中引起心肌炎的病毒有柯萨奇B组病毒、孤儿病毒、脊髓灰质炎病毒等比较常见一些，其中柯萨奇B组病毒是最常见的致病病因。此外流感、风疹、人类腺病毒、单纯的疱疹脑炎、肝炎以及EB病毒、巨细胞病毒和HIV等都可以引起心肌炎的发生。
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