难治性的支气管肺炎通常是因为机体的免疫力下降，抵抗力减弱，所以在治疗好转的支原体肺炎的基础之上，可能身体会再次感染到其他病原微生物，例如细菌、病毒和支原体，患者的肺脏会进行反复的感染，在反复感染的同时，患者会出现明显的高热、刺激性干咳，伴随一些例如呼吸困难等情况，都属于难治性的支原体肺炎。 通常在难治性支原体肺炎的治疗上，要以大环内酯类药物作为基础，例如罗红霉素、阿奇霉素、红霉素等等。而且如果同时合并有细菌感染时，还应该应用左氧氟沙星或者β-内酰胺类的药物来联合治疗，如果出现了血氧饱和度明显下降的情况，还应该系统给予氧疗。
