Barker等1985年首次将磁刺激技术引入中枢神经系统，使运动诱发电位从令人无法忍受的经颅电刺激时代跨入无痛无创的经颅磁刺激时代，得以真正常规用于临床实践，为众多神经系统疾病的诊断和预后评估提供了不可或缺的神经电生理方法。经颅磁刺激运动诱发电位是目前评价中枢运动神经系统的唯一可行的神经电生理手段。主要用于累及运动功能的神经系统疾病的辅助诊断（如运动神经元病、多发性硬化）和（缺血性脑血管病等)的疗效预测。
1989年出现了重复经颅磁刺激（repetitive transcranial magnetic stimulation，rTMS)技术，应用范围扩展到了多种神经精神疾病的治疗领域。1993年出现了重复经颅磁刺激治疗抑郁症的首个个案报告；1994年重复经颅磁刺激治疗帕金森病的首篇文章问世；此后相应研究层出不穷，研究领域扩展至缺血性脑血管病、认知功能障碍（痴呆）、焦虑、强迫、偏头痛甚至难治性癫痫等疾病以及失语、吞咽困难、耳鸣等症状。
