若黄连素片按照常规使用，不良反应是比较少的，偶有患者出现恶心、呕吐、皮疹和药热等不良反应，停药后症状一般会消失。但过量使用此药会增加不良反应的发生频率和程度，如患者服用过量或者出现严重的不良反应，请立即就医，对此药过敏者禁用。
由于此药可能引起溶血性贫血以致出现黄疸，对于溶血性贫血患者，以及葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏患者是禁用的。黄连素片的有效成分是盐酸小檗碱，对细菌有微弱的抑菌作用，但对于痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染是有效的，可以用于肠道感染，如肠胃炎。此药属于处方药，需要在医生指导下合理使用，如患者正在服用其他药物，请告知医生。
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