器质性疾病通常是相对功能性疾病来说的，器质性疾病是由于器官组织发生结构上的变化，而导致一种永久性的损害，一般是不可逆。功能性疾病通常是器官组织的结构本身并没有什么变化，而是出现一过性的功能失调，通过一定的治疗之后是可以恢复正常。常见的一些器质性疾病包括器质性的心脏病，例如先天性心脏病、心脏瓣膜病或者是心肌病等。功能性的心脏病可以见于植物神经功能紊乱导致的心脏神经官能症，或者轻微的心律失常等情况。器质性疾病包括肿瘤，还有胃溃疡、胃炎、炎症性肠病、胆囊炎、胆囊息肉、胆管炎等都是属于器质性的疾病。总体上来说，临床上器质性的疾病是占的比较多，功能性的疾病相对来说要少点。
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