肛瘘手术有不同的微创手术，不同的微创手术所呈现的手术效果，优势及缺点都可以不相同，比如纤维蛋白胶封堵术，相对于传统手术具有术后疼痛轻微、恢复快、可重复使用的优点，但这个肛瘘微创手术复发率比较高。另外有一种肛瘘栓术，这个手术在肛瘘手术的过程中创伤性少、术后痛苦少、术后恢复比较快，但复发率还是比较高。还有一种肛瘘微创手术是在可视辅助系统下肛瘘治疗术，这个手术的复发率要少一些，术后痛苦也少一些，但这个手术方法采用的手术器材很昂贵，采取这个手术方式的比较少。
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