阴菌性的肺结核一般在取呼吸道的分泌物，于痰液检查中查不到抗酸杆菌，或者做了痰液的结核分枝杆菌的培养为阴性，这个时候表示本身肺结核虽然经过规范的治疗，体内的炎症仍然存在，没有完全的治疗彻底。痰液中不含有高浓度的结核分枝杆菌，这时候患者不具有传染性，但是肺部仍然存在有不同程度分布的结核分枝杆菌，比如结核球，还要配合拍双肺的CT以及做PPD试验等来明确诊断，进一步了解病情的变化来随时调整治疗方案。
