药物治疗胃食管反流病主要是通过抑制胃酸分泌来实现的，胃酸的分泌是由胃壁细胞分泌，通过质子泵将胃腔的钾离子移入壁细胞，将氢离子移入胃腔，实现胃酸的分泌。质子泵抑制剂（PPI）通过对质子泵的抑制，阻断这一过程，得以抑制胃酸分泌。质子泵抑制剂口服后经十二指肠吸收，可选择性地浓缩在胃壁细胞的酸性环境中，在壁细胞中可存留24小时，作用专一，选择性高，副作用较小。
PPI虽然副作用较小，但是还是有副作用的，约有小于2％的患者有头痛、腹泻、消化不良等副作用。
长期使用的副作用主要有：
1、萎缩性胃炎、胃息肉。长期使用PPI，会导致腺体萎缩，出现萎缩性胃炎、胃息肉，如为避免出现该副作用或降低发生的机会，可同时口服瑞巴派特片、替普瑞酮胶囊等促内生前列腺素合成及改善胃循环、保护胃黏膜的药物，如已经出现萎缩性胃炎，也可通过服药治疗逆转或防止进一步发展，对胃息肉可内镜下钳除、氩离子凝固、套扎、粘膜下剥离或切除治疗。
2、影响包括钙离子、镁离子在内的等微量元素的吸收。如长期服用PPI，通过血液离子分析，发现低钙、低镁或出现低钙、低镁症状，排除其他导致低钙、低镁等的疾病后，可通过口服补钙、补镁制剂来改善；但仍有部分患者不能改善。
3、导致髋部、腕部等部位骨质疏松。但导致骨折风险增加机会不大，如没有其他导致骨折的风险，可以长期服用。
4、导致空肠上段菌群失调，难辨梭菌感染机会增加，出现腹泻等症状。长期服用PPI，由胃内进入十二指肠、空肠的胃液酸度降低，引起菌群失调，可口服肠道益生菌或抗菌药物治疗。
5、增加社区获得性肺炎的感染机会，推测发生机制可能与服用PPI后胃酸的屏障机制降低有关，但服用时间大于2个月的长期服用患者感染机会没有增加。
6、降低氯吡格雷等抗血小板药物疗效。由于PPI和氯吡格雷均通过细胞色素P450（CYP 2C19）酶在肝脏代谢，二者存在竞争性抑制，PPI与氯吡格雷联合应用，从机制上会导致氯吡格雷的活性代谢产物减少，使其抗血小板作用减弱，造成心血管不良事件发生率增加。对于同时服用氯吡格雷患者可服用较少通过细胞色素P450（CYP 2C19）酶代谢的泮托拉唑、雷贝拉唑治疗，近期也有报道认为埃索美拉唑影响也较小。
7、可能会影响VitB12的吸收。理论上讲胃酸可促进食物中蛋白的溶解，促进VitB12的释放，对胃酸的抑制会影响VitB12的吸收，但通过临床观察，长期服用PPI患者中血VitB12水平降低患者与未降低患者同型半胱氨酸水平和平均红细胞体积并无差异。
8、增加其他细菌感染机会：由于胃酸的作用，胃内除幽门螺旋杆菌外其他细菌难以存活，应用质子泵抑制剂后，随胃内酸度的降低，增加了细菌等微生物在胃内存活机会，这些细菌会促使硝酸盐向亚硝酸盐转化，可能增加胃癌发生机会。
抗反流药物主要有抑酸剂和制酸剂，抑酸剂主要有PPI和组胺H2受体拮抗剂，代表药物为奥美拉唑和雷尼替丁。由于组胺H2受体拮抗剂作用于酸产生的起始阶段，PPI作用于最终阶段，PPI和质子泵结合后是不可逆的，直至壁细胞死亡，所以所以PPI后就不用使用组胺H2受体拮抗剂。制酸剂以铝碳酸镁片（达喜）为代表，这类药物不吸收，主要对酸起到中和作用和对胆汁的吸附作用，和这类药物联合应用时应避免同时服用，以免影响PPI的吸收，PPI服用应空腹服用，但雷贝拉唑没有要求，饭前、饭后服用均可。治疗胃食管反流病有时质子泵抑制剂会和调整或增强胃动力药物如曲美布汀、吗丁啉同时应用，质子泵抑制剂和这些药物之间无拮抗，可以同时应用。
治疗胃食管反流病基本药物是PPI，一般需长期服药，如不想长期服药、出现或担心出现副作用，可选择食管微量电流射频治疗或腹腔镜微创手术治疗，达到不服药或减少服药的目的。
