植物神经功能紊乱的治疗主要以心理治疗为主，同时可以辅以药物治疗、物理治疗。心理治疗，如果患者有精神压力过大等，应向专业心理医生求助，注意锻炼身体，参加室外活动，且避免过度劳累，培养合理的、健康的饮食习惯，平衡营养膳食。
药物治疗方面可以应用神经营养药物的维生素B族药物，同时应在专业医生的指导下应用药物治疗，包括苯二氮䓬类药物，这一类的药物具有抗焦虑、抗癫痫、镇静、松弛骨骼肌、清除记忆的作用，常用于医治焦虑、失眠、肌肉痉挛，以及一些部分的癫痫发作。另外，5-羟色胺再摄取抑制剂也是目前常用的抗焦虑、抗抑郁，改善植物神经功能紊乱症状的一线药物。
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