房颤患者可以溶栓，但不会轻易采取溶栓的方式。房颤可以导致左心房以及左心耳出现血栓，这时不能轻易溶栓，一旦溶栓就会导致左心房或者左心耳的血栓脱落到达左室，再由左室通过动脉血到达主动脉及其分支。如果到达脑血管会造成脑梗死，到达其它重要脏器会造成重要脏器的栓塞。因此如果房颤合并有左心房或者左心耳血栓，先采取的就是抗凝治疗，可以选择华法林，也可以选择新型抗凝药，低分子肝素也是其中的一个选择。抗凝期间通过经胸超声或者经食道超声，密切观察血栓是否缩小。
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