患者如果诊断为肺部重度感染，首先应该明确肺部感染的病原体，是细菌感染、病毒感染还是其他类型的衣原体、支原体感染，或者是复杂的肺部感染。经过痰液细菌培养以及药敏试验，筛选敏感类抗生素，积极治疗10-20天。经过敏感抗生素的治疗，肺部感染多可控制。但是，对于部分免疫系统疾病患者，如艾滋病患者，此类患者，其免疫系统都已崩溃，对于炎症反应的防御基本丧失，所以其感染比较严重，而且多不能控制。这类患者虽经积极治疗，但是一般会由于炎症无法控制，而发生死亡等并发症。
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