泌尿系统的结石，通过服药也可以达到治疗的效果，主要用于特殊类型的结石，比如纯尿酸结石可以口服苯溴马隆片或者别嘌醇片等药物降尿酸治疗。尿酸水平降低以后，则纯尿酸的结石可能体积变小或者出现溶解的情况，所以对于确诊存在纯尿酸结石的患者，可以先行药物溶石治疗，再定期观察排石的情况。存在剧烈疼痛的患者，可以暂时先体外冲击波碎石，再口服药物进行治疗。对于感染性结石，则可以控制感染以后动态观察结石的变化，一般感染性的结石，其质地相对比较松脆，充分抗感染治疗过程中，结石可能会出现体积变小的情况。此时配合体外冲击波碎石，可以通过非手术的疗法而治愈感染性结石。对于草酸盐的结石，也可以口服枸橼酸类药物进行治疗。常用药物为枸橼酸氢钾钠颗粒，能有效的提高尿液pH值，达到降低结石表面光滑度的作用促进排石。
