脂肪除了储存能量，还会分泌激素、参加身体炎症反应，影响内分泌，从而引起一些相关的疾病，糖尿病就是其中比较有代表性的疾病之一。早在2014年，我国就已经将减重代谢手术列为糖尿病的标准治疗方案之一。
现阶段用来治疗糖尿病的减重代谢手术多为胃旁路手术，有着治疗糖尿病的金标准术式之称。胃旁路手术通过降低体重、减少饮食和吸收、改善激素分泌等多种方式将血糖维持在一个较低的水平，使糖尿病患者可以通过残存的胰岛分泌能力完成血糖调控，所以在治疗效果上要比药物治疗更加稳定。
除了糖尿病，多囊卵巢综合症也是在女性肥胖者身上常见的一种伴发症。肥胖尤其是中心性肥胖形成的高胰岛素血症会过度刺激卵巢组织类固醇激素的合成与分泌,局部雄激素生成的增加可导致成熟前卵泡调亡闭锁，出现多囊卵巢综合征，导致患者无排卵或稀发排卵。而做完减重代谢手术之后这一症状可以得到明显好转。
近来，还有研究显示减重代谢手术还可以对甲状腺素的分泌造成影响，或可作为治疗甲状腺功能衰退的新方法。
减重代谢手术对内分泌系统的影响是多因素共同作用的结果，除了减轻体重以外，良好的生活习惯对改善内分泌也能起到重要的作用。
