脑干血栓发生后，大多数会留有后遗症，少部分患者可能会治好，主要取决于脑血栓的大小。如果脑梗塞灶比较大，多数可能会有后遗症或者导致死亡。如果脑梗塞灶较小，早期能够及时、正确的治疗，也可以临床治愈，症状和体征完全消失。
发生脑干血栓后主要的治疗方法，包括抗凝、溶栓、抗血小板聚集、调脂、稳定斑块，可以应用脑保护的药物，比如奥拉西坦、吡拉西坦、胞磷胆碱，进行脑保护治疗。另外，可以进行保护线粒体治疗，有丁苯酞，同时要活血化瘀、改善血液循环治疗。
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