抗感染治疗是肺部感染治疗的关键环节，包括经验性治疗和抗病原体治疗，前者主要根据本地区、本单位的肺炎病原体流行病学资料，选择可能覆盖病原体的抗菌药物，后者则根据病原学的培养结果或肺组织、标本的培养，或病理结果以及药物敏感实验结果，选择体外试验敏感的抗菌药物。此外还应该根据病人的年龄，有无基础疾病，是否有误吸，住普通病房，还是重症病房，住院时间长短，肺炎的严重程度等，选择抗菌药物和给药途径。
青壮年和无基础疾病的社区获得性的肺部感染，常用青霉素类、第一代头孢菌素等。对耐药肺炎链球菌，可使用呼吸氟喹诺酮类，老年人、有基础疾病或住院的肺部感染，常用呼吸氟喹诺酮类药物以及第二、三代头孢菌素、β类酰胺类、β类酰胺酶抑制剂或厄他培南，并可联合大环类脂类药物。医院获得性的肺部感染，常用第二、三代的头孢菌素以及β类酰胺酶、β类酰胺酶抑制剂的复合制剂，氟喹诺酮类或碳青霉烯类药物，重症性肺炎应首先选择广谱类抗菌药物，并应足量联合用药。
