治疗新生儿黄疸最常用的药物为茵栀黄颗粒、酪酸梭菌活菌散等益生菌。茵栀黄颗粒为中成药，成分为茵陈、栀子、大黄，有促进排大小便，从而有退黄作用；益生菌可以促进肠道菌群平衡，以减少肠道吸收，从而起到退黄作用。如果宝宝黄疸为肝炎综合征引起，除应用以上药物外，可以给予口服肝泰乐等保护肝脏的药物。在新生儿黄疸中，药物并不起主要作用，在治疗新生儿黄疸中最有效、副作用最少为蓝光照射治疗以及充足哺乳等。
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