蛛网膜囊肿手术后遗症，主要根据所用手术方式而有所不同。
对于蛛网膜囊肿常用的手术主要有：
1、钻孔针管抽吸引流，该手术的缺点在于复发率高，神经功能缺失，所以，进行该手术常见的后遗症就是神经功能缺失。
2、开颅手术切除囊壁，使之与基底沟沟通，进行该手术最大的缺点就是会继发瘢痕形成，可以阻断脑脊液交通，使囊肿复发，因此，该手术的后遗症主要是很容易导致脑积水，因为脑脊液交通被阻断，所以会引起脑积水。同时该手术并发症较多，主要是由于压力骤减所引起，压力骤减有可能会引发脑出血、低颅内压等后遗症。
3、囊肿腹腔或者静脉分流，进行该手术的缺点在于：因为是异物植入存在感染的风险，所以，进行该手术的后遗症最主要就是引起腹腔感染或者颅内感染。
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