患者在检查前两天吃无渣饮食，特别不要吃青菜和水果，最好以面食为主。在肠镜检查前4-6小时服用3000mL的聚乙二醇电解质散剂溶液，两小时之内服完。一般半小时至一小时以后会不停的排大便，大约6-7次以后排出清水便。肠道便准备好后脱去裤子，侧躺在检查床上，医生将带有摄像头的细管从肛门插入肠道，并在插入后不断往里推进。由于推进过程中都会注气扩充肠道以便肠镜进入，所以此时会有较强的肚子胀的感觉，在肠道拐弯时由于肠子牵拉会有疼痛的感觉，一般10分钟左右可以完成检查。如果需要，医生还会利用肠镜在肠道病变处取样进行下一步检查，整个检查时间会更长。
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