肠镜可以检查出部分肛瘘，一般肛瘘有内口、外口。内口在直肠内、肛门腺附近，而外口可以在不同部位，如肛门周围皮肤，甚至于臀部、大腿。内口大部分不是很清晰，在肛门镜或者直肠镜下很少有清晰可见的情况。肛瘘辅助检查一般不选择直肠镜，因为直肠镜能看到肛瘘内口的情况非常少见。
如果肛瘘时间很长，内口可能会出现纤维化，甚至有红肿的情况表现，在大部分情况下无法发现。因此肛瘘辅助检查主要进行超声和核磁共振，而非直肠镜检查。
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