膀胱灌注化疗在临床上常常用于膀胱癌电切术后，预防膀胱癌复发，特别是浅表性膀胱癌，没有侵犯膀胱肌层的膀胱癌复发，也可以用于治疗腺性膀胱炎。现在常用的药物包括丝裂霉素、吡柔比星、表柔比星、卡介苗等，副作用不像传统的全身化疗那么严重，不会出现严重的恶心、呕吐、食欲差等消化道症状，以及脱发等。最常见的副作用是尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，有的可以出现血尿，甚至泌尿系感染。大部分都可以耐受，只是在膀胱灌注的当天以及灌注后1-2天比较明显，有少数可能对心脏有毒性，卡介苗有可能出现膀胱结核。为了减少副作用，要严格按照无菌操作，掌握药物的剂量、保留灌注的时间。灌注以后半个小时到一个小时要多饮水、勤排尿，原则上灌注前要查尿常规，如果没有感染才可以灌注。
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