大部分结肠炎都能治愈，根据发病情况可以分为急性和慢性结肠炎。急性结肠炎多为细菌性和缺血性，给予抗感染、修复黏膜、补液、改善循环等治疗后很快可以治愈。慢性结肠炎多为溃疡性结肠炎，需要长期服药，大多数都能维持临床缓解。少数患者反复发作，采用激素、生物制剂诱导缓解后可以长期服药，维持临床缓解。出现严重并发症例如中毒性巨结肠、大出血、穿孔、癌变需要手术治疗，不及时给予有效治疗可能危及患者生命。
部分患者长期腹泻或便秘、腹痛症状反复，但肠镜检查无明显异常，其它检查力例如腹部CT、血糖、甲状腺功能等检查均正常属于肠易激综合征，不能诊断为慢性结肠炎。可以采用调节肠道动力、调节肠道菌群、改善焦虑情绪等对症治疗。
