肛瘘一般通过患者的病史及临床体征都能有明确的诊断，绝大多数肛瘘患者有肛周脓肿的病史，表现为破溃、流脓，肛门部检查可触及条索状肿块向肛门部延伸。
复杂性肛瘘有时仍需要跟以下疾病相鉴别：
1、肛门周围化脓性疾病：它会形成皮下多发的复杂窦道，病变在肛门皮肤和皮下层，可见汗腺、毛囊有化脓性炎症，皮肤多呈暗褐色，大面积的慢性炎症，切开排脓可加速愈合；
2、骶尾部瘘：通常因为臀部损伤或毛囊的感染在骶尾部形成脓肿，破溃后形成瘘道，管道通常在骶尾筋膜深部和皮下组织蔓延扩散，临床检查过程中不会发现没有内口，这是鉴别的重要的因素；
3、骶尾部畸胎瘤：先天性疾病，多为青壮年时期发病，在肛门后尾骨前有一个外口，管道向直肠后骶骨前走行，通常没有内口。特征性的表现是在手术过程中可以看到管腔内有毛发、牙齿、骨骼等；
4、骶髂骨结核：通常在肛门部破溃流出稀薄的脓汁，管道较深，通向直肠后间隙，可伴腰痛，患者血沉快，长期有低热、盗汗、消瘦等症状，临床容易误诊为复杂性肛瘘。
