呼吸系统的功能比较广泛，首先具有最基本的防御功能，包括物理防御，比如鼻腔以及咽喉部的机械屏障作用、鼻腔部的加温过滤以及打喷嚏和咳嗽动作，都是良好的物理防御。化学防御主要是呼吸系统可以产生多种溶菌酶、乳铁蛋白以及蛋白酶抑制剂物质，可以起到化学防御的作用。其次，呼吸系统具有一定的免疫作用，比如由T细胞介导的变态反应。再次，呼吸系统还具有一定的神经内分泌功能，比如肺内某些特殊功能的细胞发生肿瘤时，可以表现为异位神经内分泌功能，引起皮质醇增多症等。最后，呼吸系统最主要的功能就是肺的通气功能和肺的换气功能，运输氧气和二氧化碳，并且在肺血管内进行气体交换。
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